Monthly Archives: March 2011

作为一个科研工作者,在国际学术期刊上发表科研论文是与同行交流、取得国际影响的必经之路。有些国内的科学家,实验做得很漂亮,但常常苦恼于论文的写作力不从心,成为国际交流的一大障碍。本文从博主的亲身体验出发,给博士生、博士后、以及年轻的PI提供一个借鉴。文章最后做简短总结。 我大学时的同班同学都知道,那时我的英语不算好(英语四级考试仅为“良”),写作尤其糟糕。初到美国之时,对英文环境适应得很差,读一篇JBC的文章要五、六个小时,还常常不理解其中一些关键词句的意思,心里压力极大。 很幸运,我在约翰霍普金斯大学(Johns Hopkins University)攻读博士学位时,1991年4月遇到了学兄和启蒙老师John Desjarlais。听了我的苦恼后,John告诉我,“Spend 45 minutes every day reading Washington Post, and you will be cruising with your written English in two years”(每天花45分钟读《华盛顿邮报》,两年后你的写作能力会得心应手)。这条建议正合我意 – 我原本就对新闻感兴趣!于是,我每天上午安排完第一批实验后,都会在十点左右花一小时的时间阅读《华盛顿邮报》,主要看A版(新闻版)。刚开始,我一个小时只能读两、三个短消息或一个长篇报道,中间还不得不经常查字典看生词。但不知不觉间,我的阅读能力明显提高,1992年老布什与克林顿竞选总统,我跟踪新闻,常常一个小时能读上几个版面的消息或四、五个长篇报道,有时还把刚看到的新闻绘声绘色地讲给师兄师姐听。 阅读直接提升了我的英文写作能力。看完一些新闻后,我常常产生动笔写自己感想的冲动。92年巴塞罗那奥运会,中国游泳队取得了四金五银的好成绩,美国主要媒体纷纷指责这是中国运动员服用违禁药物,但没有任何检测的证据,完全凭美国运动员的感觉。此事让我很气愤,我生平第一次给《华盛顿邮报》和《巴尔的摩太阳报》(The Baltimore Sun)各写了一封信,评论报道的不公平。没想到两天后《巴尔的摩太阳报》居然原封不动的把我的信刊登在“读者来信”栏目,同事祝贺,我也洋洋得意。受到此事鼓励,我在此后三年多的日子里,常常动笔,有些文章发表在报刊上(大部分投稿石沉大海),也曾代表中国留学生写信向校方争取过中国学生的利益。有时还有意外的惊喜。95年的一天,一位朋友打电话告诉我:今天出版的《巴尔的摩太阳报》上有我的评论文章!我急匆匆赶到街头买来5份报纸,果然,在A版的倒数第二页,以15×15厘米的篇幅发表了我一个多星期前寄给报社、本以为不会发表的一篇抨击吴宏达的文章。 以上是简述我个人英文写作提升的一段过程。但是,科研论文不同于读者来信,有其专业特点、甚至是固定格式。1994年,我第一次完整地写科研论文,感觉很差。好不容易写完的文章,连我自己都不愿意读第二遍;勉强修改之后,交给了老板Jeremy Berg。他拖了三周没看我的文章,我实在忍不住了、去催他,上午9点,Jeremy告诉我:今天看!11点,我去他办公室催,秘书拦住我,说Jeremy正在办理重要事务,两点前不得打扰。我心里惴惴,不知Jeremy在干什么。下午一点半,Jeremy急匆匆过来找我,拿了一叠纸, “This is the draft. Please let me know … Continue reading

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从小到大,我感性思维多一些,不善于读书。85至89年在清华生物系读本科期间,从未读过任何一种英文专业期刊。我受到的与英文阅读相关的训练一共只有两个。一是我在1986年暑假期间选修的时任系主任的蒲慕明老师开设的《生物英语》系列讲座,隐隐约约记得蒲先生让我们阅读一些诸如DNA双螺旋发现之类的科普性英文文章,很有意思。但时间较短,暑假过后也没有养成读英文文章的习惯。二是《生物化学》这门课。与现在的清华生命学院形成鲜明对比,我上大学期间的所有基础课和专业课都是采用中文教材、中文讲课,只有郑昌学老师讲授的《生物化学》采用了Lehninger的《Principles of Biochemistry》,而且郑老师要求我们每个学生每次课后阅读10-20页教材。我们同学大多感觉到专业英文阅读有所提高。   1990年4月至7月初,我在依阿华州Ames小镇的Iowa State University度过了初到美国的前三个月,其中大部分时间在Herbert Fromm教授的实验室做轮转(rotation),跟随刘峰和董群夫妻两人做研究(刘峰现在University of Texas Health Science Center做教授)。当时感觉最困难的就是读专业论文。有一次,Fromm教授要求我在组会上讲解一篇《Journal of Biological Chemistry》的文章,我提前两天开始阅读,第一遍花了足足六个小时,许多生词只能依靠英汉词典,文章中的有些关键内容还没有完全读懂,当时的感觉是JBC的文章怎么这么长、这么难懂?!真有点苦不堪言。为了能给Fromm教授和师兄师姐留下好印象,第二天又花了好几个小时读第二遍,还做了总结。第三天我在组会上的表现总算没有给清华丢脸。但是,前前后后,真搞不清楚自己为了这一篇文章到底花了多少时间!   90年7月我转学到约翰霍普金斯大学以后,与本科来自北大的虞一华同在IPMB program。虞一华大我一岁,来巴尔地摩之前已经在夏威夷大学读了一年的研究生,对于科研论文的阅读比我强多了。他常常在IPMB的办公室里拿着《科学》和《自然》周刊津津有味地阅读,看得我很眼馋,也不理解其中那些枯燥的文章有什么意思。他告诉我:他在读很有意思的科学新闻。科学新闻能有什么意思?虞一华给我讲了好几个故事:洛克菲勒大学校长诺贝尔奖得主David Baltimore如何深陷泥潭、人类基因组测序如何争辩激烈、HIV病毒究竟是谁发现的,等等。我还真没有想到学术期刊上会有这么多我也应该看得懂的内容!从那时起,每一期新的《科学》和《自然》一到,我也开始尝试着阅读里面的新闻和研究进展介绍,这些内容往往出现在“News & Comment”“Research News”“News & Views”“Perspectives”等栏目,文笔平实,相对于专业的科研论文很容易读懂。有时,我还把读到的科研新闻讲给我的同事朋友们听,而同事的提问和互动对我又是更好的鼓励。除了《科学》和《自然》,我也常常翻看《科学美国人》(“Scientific American”)。   与《细胞》(Cell)、《生物化学期刊》(JBC)等非常专业的期刊不同,《科学》和《自然》里面有相当一部分内容是用来做科普教育的。《科学》周刊的“Perspectives”和《自然》周刊的“News & Views”栏目都是对重要科学论文的深入浅出的介绍,一般1-3页,读起来比较通俗易懂,较易入门。读完这些文章后,再读原始的科学论文,感觉好多了!而且可以把自己的体会与专家的分析比较一下,找找差距,有时甚至也能找回来一点自信!   从1998年在普林斯顿大学任职到现在清华大学做教授,我总是告诉自己实验室的所有年轻人(包括本科生、硕士生、博士生、博士后)下面这几点读科研论文的体会,也希望我的学生跟我学:   1.请每位学生每周关注《科学》和《自然》。(生命科学界的学生还应该留心《细胞》)。如果时间有限,每周花一个小时读读这两种周刊里的文章标题以及与自己研究领域相关的科研论文的abstract,即可!这样做可以保证一个学生基本上能够跟踪本领域最重要的发现和进展,同时开阔视野,大概知道其它领域的动态。 2.在时间充足的情况下,可以细读《科学》和《自然》里的新闻及科研论文。如果该科研论文有“News & Views”或“Perspectives”来介绍,请先读这些文章,这类导读的文章会提炼问题,就好比是老师事先给学生讲解一番论文的来龙去脉,对学生阅读原始论文有很大帮助。 3.在读具体的科研论文时,最重要的是了解文章的主线逻辑。文章中的所有Figures都是按照这个主线逻辑展开描述的。所以,我一般先读“introduction”部分,然后很快地看一遍Figures。大概知道这条主线之后,才一字一句地去读“results”和“discussion”。 4.当遇到一些实验或结果分析很晦涩难懂时,不必花太多时间深究,而力求一气把文章读完。也许你的问题在后面的内容中自然就有解答。这与听学术讲座非常相似!你如果想每个细节都听懂,留心每一个技术细节,那你听学术讲座不仅会很累,而且也许会为了深究一个小技术环节而影响了对整个讲座逻辑推理及核心结论的理解。 5.对个别重要的文章和自己领域内的科研论文,应该精读。对与自己课题相关的每一篇论文则必须字斟句酌地读。这些论文,不仅要完全读懂,理解每一个实验的细节、分析、结论,还必须联想到这些实验和结论对自己的课题的影响和启发,提出自己的观点。 … Continue reading

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评论

钟凯莱引文说、如果问题的叙述中有模棱两可的地方、不要回避。这是一个语义上的问 题。 这句话适用于全部的西方数学与物理学、因为此二者的推论方法依旧是古希腊几何的公理系统、它的起点是定义。所谓叙述模棱两可是因为定义或其外延含糊不清。后果就是推论无法进行或混乱。而悖论的产生正是定义问题、例如所有集合的集合一语里的集合概念。西方物理学与数学的发展往往就表现为定义的扩展或收缩、例如数、能量等等。从这点上看、对数学家而言、人为的定义之后就是形式逻辑的推演而已。而物理学家则要用实验来验证这些定义出来的量的有效性。化学家因为关心的层次不及物理学家深入、因此往往只对具体的量的有效性感兴趣。文中那位化学教授会满足于一个可用实验求得的近似公式、而不会在意公式里是否有数学上意义重大上的pi。数学家与化学家的差异大概就在这里了。物理学家则能够兼俱二者之长、同时会在数学上适可而止、不会在形式逻辑上无限走下去。  

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概率

三个跟概率有关的问题 问题一,这个问题来源于一个游戏,说有ABCD四个人,A坐庄,要在纸片上写下1234四个数中的一个,由他的下家B开始猜,猜之前往杯子里倒酒,倒多少 随意,如果猜中,则杯里的酒由B 喝,猜不中的话,C随意倒酒,继续猜,猜中喝酒。如果最后大家都没猜中,那么庄家喝杯里所有的酒。第一轮中谁喝酒,谁就是下一轮的庄家。 以下不考虑其他因素(比如酒的多少造成的不公平),仅仅抽象成一个数学模型。对B角色的判断最简单:他显然有1/4的概率猜中;对于C的判断是个关键,在 整个游戏没开始的时候,B能不能抽中是个不确定的状况:在他抽中的前提下,C不必再冒风险,全无喝酒的可能;而在B没有抽中的前提下,C抽中的可能是 1/3.这实际上是说,在游戏一开始,我们想判断C要喝酒的概率,应该是3/4×1/3=1/4.对于D,完全给以的考虑,可以算出,他喝酒的概率为3 /4×2/3×1/2=1/4。 评论:其实这是一个很简单的全概公式的应用。但是不认真思考,很可能觉得B喝酒的概率小些。只消注意到,B抽签这个行为,是对后面的人有影响的。其实,换 一个角度来想这个问题:C,D和A喝酒的概率都会由于B没喝这个事实而收到了一些影响,因此导致1/3,1/2和1都不可能成为答案。 问题二:该问题颇有名气 英文叫Monty problem ,甚至在今年的电影“21”《决战21点》中 还作为一个吸引人的噱头。我本应把这个问题放在第一位,但是我担心有人坚持不下来,就再前面先写个短的。毕竟我写得这个是个介绍性的帖子。我自己也担心写写就陷入计算中去了。 三张扑克牌,其中有一张是大王,游戏者选中为胜。当游戏人选了一个张之后,无论怎样,主持人在知道他首次的选取情况的基础之上 ,从剩下的两张之中翻开一张不是大王的牌 。问题:此时,游戏者应当保持自己原先的选择,还是换选最后那张? 其实,由于最后的选择只有两个,我们知道,这两个的概率之和只能是1,所以我们想做的就是找到他们是大王的概率各是多少。这在数学上叫做分布(分布是一个 很重要的数学概念,显然这里只是一种简单的情况)。分析这个问题的关键在于,主持人的所作所为是不会影响到游戏者在第一次就选中的概率的。即是说,游戏者 首次以选中的概率应该是1/3,而后面后面主持人做得事情是无论如何都能够做,而且没有给游戏者任何多余的信息(注意条件中的黑体字)。我们再继续思考一 步就发现,主持人就是将剩下的两张牌的概率集中在了一张牌上。到此,问题已经得到解决。游戏者还牌是正确的选择。抽中的概率将由1/3变为2/3。 我不想就此结束,注意:如果仅在黑体字部分修改一下条件,我们重新来看这个问题,也许要稍微复杂一点。 三张扑克牌,其中有一张是大王,游戏者选中为胜。当游戏人选了一个张之后,主持人在不知道他首次的选取情况的基础之上 ,从剩下的两张之中翻开一张,恰巧不是大王的牌 。问题:此时,游戏者应当保持自己原先的选择,还是换选最后那张? 这回,黑体字的含义有了根本的区别。主持在翻牌的时候也同样不了解状况,于是他的行动会对游戏者产生影响。这种影响的方式就是,主持人选了一张,如果是大 王,那么游戏者可以直接判断自己的一定不是;而主持人选的不是大王,这个事件显然影响了游戏者手中牌的分量,增值了,概率变大了。而概率是多少呢?还得从 头开始计算。当游戏者以1/3的概率选中,我们的主持人就没有机会了;在游戏者以2/3的概率没有选中的时候,我们的主持人也没有选中的概率实际上是2 /3×1/2=1/3,于前一种情况一样大。因此,游戏人虽没有选中,但是究竟是在第一种情况,还是第二种情况才是我们所需要问的问题。而由上面的分析, 两者发生的概率都是1/2. 这实际上在初等概率论种叫做逆概公式。 至此,我们已经接触了两种重要的公式:全概公式和逆概公式。他们基本上构成了我们日常所涉及到了全部概率问题。(不包括经济或者金融相关的复杂问题,那些问题可能需要更高级的概率理论基础。) 评论:该问题的提出实在美国,曾经引起过争议。其中心问题就是题目含义不清。上面的两种提法是最主要的两种。一个概率问题,常常会因为题意不清而导致争 论。著名华裔教授钟凯莱曾经对此有精辟的论述。他在《初等概率论附随机过程》中提到:“如果问题的叙述中有模棱两可的地方,不要回避。这是一个语义上的问 题。如有必要,试一试各种解释。无论如何,不要利用文字的不确定性或者教师的疏忽,而把一个合理的问题变成一个没有什么意义的问题。” 问题三,这个问题严格地说不算数学问题,相当于一种纯粹理性观念的建立。当时我在旁听一门化学的研究生课程的时候亲耳听教授讲的,至今怀着很鄙夷的态度。 该教授在上课的时候提到一个概率问题如下:在单位球面上随机给出4个点,则它们四个落在一个半球上的概率是多少。我不想在这里仔细介绍这个题目的解题方 法,它涉及到微积分知识以及一些公式,有兴趣的朋友可以思考一下。我想说的是,这位教授当时抨击了数学整个行业。他说:“这问题要是学数学的人来算就高的 很麻烦,那群人有毛病。我们研究化学的,只需要模拟一下,大量实验,就可以算的出来。” … Continue reading

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陶哲轩教你学数学

花几天的时间把这本书看完,这里写下心得体会。 如果这个问题给我 问题1.1:假设一个三角形的边长成公差为d的等差数列,它的面积为t。求三角形的所有边长和面积。 对于任何一个上过高中的人来说,这个问题非常简单,但重要的是我们的思路和解决步骤(包括初步思考,整个过程以及最后的结果) 从本书来看,陶的思考很有张力,非常发散。但也很有度,非常有步骤。如果这个问题给我,我只会列出几个公式,,考察一下他们的结构,做一做尝试。因为本题的具体情况,我会很快的得出答案。但是,很明显我的思考过程会是一团糟,从学习的角度来说,我是在浪费时间,这样解决这道题对我的数学学习来说根本是浪费时间。 书看的很粗略,所以这只是暂时的看法。随着我对数学本身深入的学习,这些看法有待修正,但目前只能这样呢。 当我看到第二十页时发现以我现在昏昏沉沉的状态,我更本就看不懂他,就到这儿,看看待会儿状态会不会好点。

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什么是好的数学?作者:Terence Tao 作者:Terence Tao 译者:卢昌海 译者序: 本文译自澳大利亚数学家 Terence Tao 的近作 “What is Good Mathematics?”。 Tao 是调和分析、 微分方程、组合数学、 解析数论等领域的大师级的年轻高手。 2006 年, 31 岁的 Tao 获得了数学界的最高奖 Fields 奖,成为该奖项七十年来最年轻的获奖者之一。 美国数学学会 (AMS) 对 Tao 的评价是: “他将精纯的技巧、超凡入圣的独创及令人惊讶的自然观点融为一体”。 著名数学家 Charles Fefferman (1978 年的 Fields 奖得主) 的评价则是: … Continue reading

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计划 (1):自然醒,看情况,去填到还是看网球,注意只能是看网球 (2):平常有课去上课,没课在家学习。根据不同状态制定学习方式。查资料,看课件,看课本,看别的书,写博客,学英语 (3):大段时间要好好利用,集中精力学习数学,生物 目标 a:课程,认真深入的学习,分清什么是记住的什么是理解的 b:数学,要快,抓紧时间 c:英语:坚持,哪怕是一个不好的方法。 d:别的书干哪一件都要集中精力,专注而放松。 生活 a:锻炼身体,尽量科学的。 b:休息, c:不思量

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